La Universidad Nacional Mayor de San Marcos fue fundada a solicitud de fray Tomás de San Martín por Real Cédula del 12 de mayo de 1551 del emperador Carlos V y de la reina madre, doña Juana.
Los primeros estudios de la Facultad de Teología se iniciaron en el convento de los religiosos dominicos de Lima, cuando se inauguró la Universidad el 2 de enero de 1553. Posteriormente, Teología se llamó Arte Virreinal y después, Letras, nombre que conserva hasta nuestros días. Esta facultad anexó al Colegio San Carlos a mediados del siglo XIX.
La segunda facultad en funcionar en 1571 fue Cánones y Derecho Canónico, luego se denominó Leyes Virreinal y después, Derecho. Ese mismo año empezó a funcionar la tercera facultad, Medicina, pero fue reinstalada el 2 de octubre de 1634. Esta facultad anexó en el siglo XIX al colegio San Fernando.
En 1850 se creó la Facultad de Ciencia (ex Ciencias Naturales y Matemática). En 1875 se fundó la Facultad de Ciencias Económicas y en 1943 se crearon las facultades de Odontología y Farmacia y Bioquímica. En 1946 se hizo lo mismo con Medicina Veterinaria, Química y Educación.